计算级别
几何优化:GFN2xtb
核磁计算:机器学习网络
数据处理:Excel
特点:计算速度极快,一些连有重原子(Br、I、S、Se等)的碳的化学位移亦可以给出一定程度可靠的预测。
计算目标:非对映体比较。
适用溶剂:/
计算位置:/home/zhb/calculation/code/GFN2NMR
计算方法
输入文件:推测结构的 .xyz 文件(可由 x2xyz.sh 得到)
参数文件:无
运行:于 .xyz 文件位置打开终端,运行 gfn2nmr *.xyz
即可
结果:得到的同名文件夹中的 crest_ensemble.xyz 文件为记录GFN2级别优化后的构象结构的多帧 .xyz 文件,另生成一个同名 .xlsx 文件,其中记录了预测的碳化学位移。
数据处理方法
处理工具:计算位置下 tool 文件夹中 GFN2NMR_DP4.xlsx 文件。
复制于自己电脑端打开GFN2NMR_DP4.xlsx,第一列可输入碳原子编号,第二列可输入碳化学位移实验值,其余每个色块中的第一列可输入每个候选结构碳的化学位移预测值,此处碳原子编号需严格对应。
该计算器将自动进行统计运算,获得每个候选结构的MAE(平均绝对误差)、RMS(根均方误差)和类DP4概率。打开两个输出的.xlsx文件,分别复制粘贴pred列的预测数据和Num列的计算结构的碳原子编号到相应位置;对比实验数据和计算结构的编号(可用GaussView打开.mol文件查看编号),耐心填入每个碳的化学位移实验值,即可获得结果。